一直以来，《火影忍者》被认为是一部情节精湛的作品，其最大的亮点在于富有感染力的情感冲击以及极其引人入胜的群像角色，每个角色都有着各自深刻动人的人物弧光和成长历程。但《火影忍者》绝非一部完美的作品，其中不乏一些令人反感或毫无逻辑的剧情线，多年后仍让粉丝们难以释怀。
幸运的是，这些情节大多出自早期的《火影忍者》，极少部分来自《火影忍者疾风传》。或许这表明该系列的剧情创作随着时间推移在不断进步，但即便如此，《火影忍者》中这些令人不悦的情节依然难以被忽视或遗忘。
5、绳树平淡无奇的死亡
说到角色死亡，《火影忍者》几乎总能让这些死亡场景显得极具冲击力。该系列中许多重大的死亡情节，比如自来也、阿斯玛和鼬的死，至今仍深深烙印在粉丝的记忆中。然而，有一个例外，这或许是该系列中最令人诟病的败笔。这里要说的死亡场景正是纲手的弟弟绳树的死，考虑到他的死亡所承载的意义，他的死法却显得极为滑稽。
绳树的死不仅加剧了纲手对初代火影项链的迷信，还对大蛇丸产生了深远影响，让他切实意识到自身生命的脆弱，从而走上了反派的道路。或许是动画中这一幕的剪辑过于生硬，但绳树仅仅因为一次爆炸就丧生，这情节实在显得平淡无奇，甚至成了《火影忍者》中最广为人知的梗之一。
4、君麻吕与辉夜一族
在《火影忍者》早期的反派角色中，君麻吕是除晓组织成员外最引人入胜的角色之一。君麻吕之所以让人印象深刻，很大程度上是因为他独特的血继限界 —— 这是粉丝们在这之前从未在剧中见过的；而更重要的原因，则是他神秘的身世背景。
正是随着君麻吕的登场，粉丝们才首次得知神秘的辉夜一族的存在。事实证明，这个家族继承了大筒木辉夜的能力。单从君麻吕的外形来看，他与大筒木一族的联系就相当明显。然而，尽管辉夜一族极具看点(即便不考虑导致君麻吕死亡的神秘疾病），但该家族的故事却完全没有得到应有的深入挖掘，这一点着实令人不满。
3、佐助背刺香磷 而且是实实在在的背刺
尽管佐助在《火影忍者》中的角色弧光和救赎之路刻画得十分出色且令人满意，但他仍有一个决定至今让粉丝难以释怀，那就是背叛香磷。在剧情发展到这一阶段时，粉丝们已经开始对“鹰” 小队产生感情，因此看到佐助为了战胜团藏而刺伤香磷，就更让人感到痛心。
这份背叛尤其令人痛心，因为香磷一直对佐助忠心耿耿，而且剧情还揭示出，佐助和香磷早就在死亡森林有过交集，正是那次相遇让香磷对他心生爱慕。在那个阶段，粉丝们本就还在纠结于佐助要摧毁木叶村的决定，而且在得知鼬的真相后，大家理应会同情佐助，可他刺伤香磷这一幕，却让他变得极其令人反感。
2、洛克・李过早地被实质上排除在剧情之外
自从在中忍考试中登场以来，洛克・李就一直是《火影忍者》中最酷的角色之一，他与我爱罗的战斗更是让他人气大增。洛克・李不仅性格有趣、讨人喜欢，还拥有以体术为核心的新颖战斗风格，因此，在中忍考试中受伤后，他几乎完全被排除在《火影忍者》后续的主线剧情之外，这实在令人扫兴。
尽管洛克・李后来回归与君麻吕对战，在《疾风传》中也有出场，但迈特・凯却凭借他们共通的能力占据了所有最酷炫的名场面和战斗戏份。更令人失望的是，在《博人传》中，除了动画原创剧情或电影里，洛克・李始终没有真正意义上的重要戏份，这足以说明，尽管粉丝们非常喜爱他，他却还是被淡忘、被边缘化了。
1、小樱与井野的竞争
几十年来，《火影忍者》对女性角色的塑造一直是粉丝们争论的焦点。尽管可以说这部作品中有几个不错的女性角色，她们的背景故事也刻画得很出色，但小樱和井野并不在此列。事实上，小樱与井野的“竞争”或许是《火影忍者》中最令人反感的剧情线之一，坦白说，完全删掉这条线，整部作品会更好。
问题不在于“竞争”这个设定本身，如果小樱和井野能有像佐助与鸣人那样的竞争关系，或者至少是一种更健康的竞争，其实会很不错。然而，彻底毁掉小樱和井野这段竞争关系的，是她们竞争的动机——两人都痴迷于佐助。
首先，现实中的女孩不会为了一个男孩争风吃醋到形成终身竞争关系的地步。这不仅让她们显得极其肤浅，而且可以说，这也是粉丝们不再认真看待小樱的最大原因之一。就连井野在中忍考试时剪头发的情节，也让人难以严肃对待，那个场景显得相当可笑。
最重要的是，为什么两位女忍者不能仅仅为了让自己变得强大、有能力而努力，而非要为了取悦一个对她们毫无兴趣、甚至不值得她们花费时间和精力的男孩呢？看到小樱和井野在被佐助搅黄之前那段美好的友谊以及她们的过往，更让这条剧情线显得令人反感。尽管她们最终重归于好，成为挚友，但如果《火影忍者》能让她们一直做朋友，保持健康的竞争关系，那会好得多。